十一月相关阅读：「论文可重复性专栏」｜肠道炎症与肠道菌群的致癌活性论文可重复性专栏｜年度自我“拷问”纪实：你的实验可重复吗CNS可重复性专栏｜Wnt信号活性与结肠癌干细胞CNS可重复性专栏｜可重复性项目中未完成及其他等论文结果总述ReproducibilityProject:CancerBiology项目中，科学家们试图重复年发表在GenomeResearch上的工作Fusobacteriumnucleatuminfectionisprevalentinhumancolorectalcarcinoma，该工作通过发现通过RNA-seq等方式将大肠癌肿瘤样本与对照标本相比，发现具核梭杆菌感染相关基因显著过表达。该病原体是一种侵袭性厌氧菌，与牙周炎、阑尾炎有关，但当时并为发现与肿瘤负担相关。通过受试者的定量PCR分析，作者们确认了具核梭杆菌与人类大肠癌以及淋巴结转移呈现正相关。按照可重复性项目中的步骤要求主要包括六个阶段：设计实验、同行评审、准备实验、进行实验、数据分析以及对可重复性报告进行再次的同行评审和发表，作者们首先对进行了了设计实验以及可行性的同行评审并发表了注册报告，题为Registeredreport:Fusobacteriumnucleatuminfectionisprevalentinhumancolorectalcarcinoma。该注册报告中的对于计划复制的实验进行了描述，作者们计划重复结直肠癌样本定量PCR的这一关键结果。从相匹配的正常和肿瘤人类结肠癌标本中扩增具核梭杆菌DNA的定量PCR方法，从匹配的正常和肿瘤人类结肠癌标本中分离的具核梭杆菌DNA的相对丰度，这是实验对应原文章中的Fig.2（图1）。图1原论文中的Fig2，对比正常的组织与结直肠癌样本中具核梭杆菌DNA的相对丰度年，作者们完成了该重复计划，并将重复结果如实报告在可重复性纪实中ReplicationStudy:Fusobacteriumnucleatuminfectionisprevalentinhumancolorectalcarcinoma，作者们发现在结直肠癌组织、相邻正常组织以及单独匹配的对照组织中，使用qPCR检测具核梭杆菌DNA时，大多数的样本中并没有检测到具核梭杆菌信号。qPCR结果显示，只有25%的结直肠癌组织、15%的相邻样本组织中具核梭杆菌DNA阳性信号，单独匹配对照组织中未检测出阳性信号，但是结直肠癌组织与相邻组织之间的具核梭杆菌DNA阳性并无统计学显著性差异，这与原始文章中的结论并不相符（图2）。图2可重复性纪实中的实验复制结果因此，该实验重复性报告通过对结果的荟萃分析，表明具核梭杆菌在结直肠癌组织中升高，但是大多数的样本中并不能检测到具核梭杆菌DNA，且与相邻正常组织之间的差异小于原始研究。该实验复制结果将有助于进一步评估多种微生物与癌症负担的实质性因果关系。原文链接：
